交易都市としてのニューヨーク市の拠点性はマンハッタン、ブルックリン、スタッテン島とニュージャージーに囲まれたアッパー・ニューヨーク湾の良好な自然港湾の恩恵を受け成立しており、港湾はロワー・ニューヨーク湾にあるブルックリンとスタッテン島に位置する海峡によって大西洋から守られている。
ハドソン川はハドソン・バレーからニューヨーク湾に流れ、ニュージャージー州からブロンクスとマンハッタンを切り離す河口になっている。イースト川(実際には潮の注す海峡)はロングアイランド湾からニューヨーク湾まで広がり、ロングアイランドからブロンクスとマンハッタンを切り離している。ハーレム川(イースト川とハドソン川の間を流れる潮の注す海峡)は本土の一部であるブロンクスからマンハッタンを切り離している。
市の陸地はオランダの植民地時代以来、川岸に沿ってかなりの干拓が進み、天然の状態からはかなり変更された。現代の埋立についてはロワー・マンハッタンのバッテリー公園都市のような再開発が注目されている。地形の変化については特にマンハッタンで顕著だった。「マンハッタン」という地名の語源は諸説あるが、その一つに「丘の島」意味するというものがある。事実、島はヨーロッパ人の定住以前はかなり山がちな地形だった。
国連本部があり、ホワイトハウスのあるワシントンとの対比でニューヨークの一語で国連を示す場合もある。

